يتكون المتحف من ثلاث قاعات رئيسية : القاعة الأولى وتشتمل على مقدمة عن تاريخ مملكة الأنباط وجيولوجية البتراء بالإضافة إلى قطع أثرية تمثل تحضير الطعام في العصر الحجري الحديث، والفخار الادومي، وفن النحت النبطي، وهندسة المياه النبطية.
•أما القاعة الثانية فهي مخصصة للمكتشفات من الحفريات الأثرية، ومرتبة حسب تسلسلها الزمني بدءاً من حفرية البيضا العائدة إلى العصر الحجري الحديث، وحفرية طويلان العائدة إلى العصر الحديدي، وحفرية الزنطور التي كشفت عن منازل نبطية ورومانية متأخرة، وحفرية الزرابة حيث كشف عن أفران فخار نبطية أرخت إلى نهاية القرن الأول ق.م. وحتى القرن السادس الميلادي، وحفرية معبد الأسود المجنحة النبطي، وحفرية معبد قصر البنت في وسط البتراء، وانتهاء بحفرية الكنيسة البيزنطية.
•كما تضم هذه القاعة نبذة تاريخية عن التجارة النبطية وطرق القوافل البتراء في العصور الوسطى. أما القاعة الثالثة فتحتوي على مجموعة من الاسرجة الفخارية حسب تطور صناعتها، والتماثيل البرونزية والفخارية والأطباق الملونة والعادية وقطع النقود والحلي والمجوهرات وبعض الأدوات البرونزية والنحاسية بالإضافة إلى الجرار الفخارية الكبيرة.
The museum, founded in April 1994, contains more than 600 artifacts displayed in three permanent exhibition halls.
The First Hall displays an introduction to Nabataean history and geological artifacts from the Neolithic period.
The Second Hall is dedicated to archaeological discoveries according to their respective timeframe, starting from the beida” excavations which have uncovered remains that date back to the Stone Age. The “Tawilan” excavations remains are from the Iron Age and the “Alzentor” excavations revealed a number of Nabataean houses. The “Alzerabh” excavations unearthed Nabataean pottery ovens from the end of the first century BC until the sixth century AD. Other important excavations were at the Temple of the Winged Lion and Qasr Al Bint.
Finally, the Third Hall contains bronze statues, pottery, coins, ornaments, jewelry, and a collection of pottery lamps from various eras.